বর্তমানে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান মেরিটাইম বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হলেন রিয়ার এডমিরাল মোহাম্মদ মুসা। তিনি ২০২৩ সালে মেরিটাইম বিশ্ববিদ্যালয়ের দায়িত্ব গ্রহণ করেছেন।